Hacı Beşir Ağa Külliyesi İstanbul İli, Fatih (eski Eminönü) İlçesi sınırları içinde yer almaktadır. Külliyenin banisi III. Ahmet ve I. Mahmut dönemlerinde hizmet etmiş olan Darüssaade ağası Hacı Beşir Ağa’dır.
Külliye 1744-1745 tarihinde inşa edilmiştir. Külliye cami, kütüphane, medrese, tekke, sebil, dükkanlar, iki adet çeşme ve caminin doğusunda bulunan sıbyan mektebi ya da hünkar mahfeli olarak kullanılmış olabilecek iki katlı bir bölümden oluşmaktadır.
Caminin giriş kapısındaki kitabeden II. Mahmut döneminde (1826-1839) büyük bir onarım geçirdiği anlaşılmaktadır (Eyice1996: 2). Caminin avlu giriş kapısından sökülen ve kütüphanede bulunarak bugün yerine monte edilmiş bulunan oval madalyon içindeki II. Mahmut tuğrası da bu onarımı desteklemektedir.
Cumhuriyet döneminde ise 1940, 1959, 1965, 1973 ve 1986 yıllarında onarım görmüştür. (Hacı Beşir Ağa Külliyesi 1965 Onarım Dosyası, İstanbul Vakıfl ar Bölge Müdürlüğü Arşivi). 1965 yılında caminin son cemaat yeri cephesi betonarme birdoğrama ile kapatılmış, 1986 yılındaki onarımda ise avlu altına tuvalet ve abdest alma mekanı ilave edilmiştir.
Yapının mimarı bilinmemektedir. 1737-1745 tarihleri arasında mimar başı olan Ser Mimar Çelebi Mustafa Ağa’nın Hacı Beşir Ağa Külliyesi gibi önemli bir yapı topluluğunun inşasında etkili olduğu düşünülebilir.