Kanuni Sultan Süleyman döneminde sanat ve sanatçıyı korumasıyla tanınan devlet adamı Cafer Ağa tarafından 1559 yılında Mimar Sinan'a yaptırılmıştır. Cafer Ağa medrese tamamlanmadan vefat edince kardeşi Gazanfer Ağa tarafından tamamlanmıştır. Sirkeci ve Gülhane arasında yer alan Caferiye Sokağı’nda inşa edilmiş olan medrese, dönemin öğrencilerinin eğitim alabileceği bir mekan olarak tasarlanmıştır. Bu dönemde inşa edilen medreselerin külliye yapısı içerisinde inşa edilmesi yaygın olsa da, bu yapı bağımsız bir medrese binası olarak yapılmıştır. Bu özelliğinden dolayı İstanbul’un diğer medreselerinden ayrılmaktadır. İnşa edildiği tarihte 15 dershaneden oluşmaktaydı. Dikdörtgen bir plan şemasına göre inşa edilmiş olup dörtgen bir avluya sahipti. Giriş yuvarlak kemerli bir kapıyla sağlanmıştı. Bu kapının üzerinde üç tane kitabe yerleştirilmiştir. Kitabelerden üstte olanında, Yerebatan Sarnıcından Kanuni Sultan Süleyman’ın izniyle bu medreseye su bağlanmasına izin verildiği notu düşülmüştür. Diğer kitabelerde ise medreseye yardımda bulunan hayırsever vatandaşlar ile ilgilidir. Dershane odaları avlunun etrafına dizilmiş eyvanlardan oluşmaktaydı. Mimar Sinan bu medreseyi inşa ederken mimari bilgisini oldukça başarılı uygulamıştır, çünkü arazinin eğiminden dolayı bu alanı kullanmak oldukça zordu.
Yapının Günümüzde Kullanımı:
Medrese 1989 yılında Türk Kültürüne Hizmet Vakfı tarafından koruma altına alınmıştır. Yine bu yılda vakıf aracılığıyla yapı restore edilmiş ve bir sanat merkezine dönüştürülmüştür. Dershane odalarının sergi odalarına dönüştürüldüğü bu medrese de artık geleneksel Türk el sanatları öğretilmektedir. Yapılan ürünlerin yerli ve yabancı turistlere sunulduğu bu sanat merkezi 1990’lı yıllarda ikinci kez restore edilmiştir. Türk Kültürüne Hizmet Vakfı’nın tek işletmesi bu yapıdır. Merkezin önemi geleneksel Türk el sanatlarının tanıtımında büyük rol oynamasıdır. Bugün hemen hemen her yaştan insanın katılabileceği uygulamalı el sanatları öğreniminde önemli bir adımdır. Burada ebru, hat, osmanlıca, tezhip, minyatür, kuyumcuşuk, ahşap dekoratif süsleme, porselen süsleme, resim, vitray, ud, ney, bağlama gibi sanatın çeşitli dallarının öğretildiği bir merkezdir. Düzenli olarak sergilerin de düzenlendiği bu medresede, gezi etkinlikleri de yapılarak İstanbul’un tarihi eserleri iki sanat tarihçisi tarafından tanıtılıyor.