Caminin güneybatısında yer alan türbe, vakfiyeden anlaşıldığına göre İshak Paşa’nın hanımı Tâcünnisâ Sultan Hatun için yaptırılmıştır.
Taş ve tuğla ile almaşık örgülü duvarlara sahip yapı altıgen planlı olup kasnaksız bir kubbe ile örtülmüştür. Kuzey cephede dışa taşkın kapı, iki yan cephelerde altlı üstlü birer pencere, kapı ekseninde bir mihrap nişi bulunmaktadır. Alt sıradaki pencere alınlıkları süslemeli olarak düzenlenmiştir. Kapı ve pencere kanatları yekpâre ceviz ağacından olup orijinaldir.
Türbede Tâcünnisâ Sultan Hatun’un kabrinden hiçbir iz kalmamıştır. İshak Paşa’nın kabri ise vaktiyle caminin güneyinde yer almaktaydı. Geçişi engellediği gerekçesiyle 1937 yılında kaldırılmış ve taşları türbeye taşınmıştır. Çok süslü olan taşlardan paşanın 4 Safer 892’de (30 Ocak 1487) vefat ettiği anlaşılmaktadır.