Merkez Efendi’ye ait olan kare planlı 7.5 m X 7.5 m. ebadındaki türbe yapısı ilk özgün yapı değildir. Zaman içindeki yenileme çalışmaları sırasında duvar hizalarının üstü yeniden yıkılıp yapılmıştır. Ayrıca aynı dönemde 1836 yılında yapının kuzeyine ek bir bina yapılmıştır. Merkez Efendiden sonraki şeyhlerin ve ailelerinin sandukaları bu yapıda bulunmaktadır. İlk yapılan türbenin bu ek yapı ile arasındaki duvar kaldırılarak sepet şeklinde bir kemer inşa edilmiştir. Yeni ev eski yapı moloz taş ve tuğla ile örülmüş olup yeni yapının batı cephesi mermerle kaplanmıştır. Bu cephe aynı zamanda külliye giriş kapısının karşısındaki türbe cephesidir. Türbe’nin kubbesi kurşun ile kaplı olup ek bananın ise kurşun kaplı kırma çatı ile örtülmüştür. Yapının batı cephesinde kilit taşlı yuvarlak kemerler olan üç adet pencere sıralanır. Bu pencerelerin alt seviyesinde ise boydan boya giden bir silme bulunur. Cephenin kısa ahşap saçağı güneydeki pencere önünde genişleyerek bir ziyaret saçağı haline gelmiştir. Bunun altında tekkelerin faal olduğu dönemde Merkez Efendi Tekkesi postnişini ve dervişleri ile beraber yakındaki Yenikapı Mevlevihanesi’nin bayram namazlarını burada eda etmeyi gelenek haline getiren şeyhi ve dedeganı arasında bir muayede merasimi icra edildiği bilinmektedir. Tarikatlar arasındaki yakınlığın güzel bir örneği olan bu gelenek saçağın ayrıntılarına da yansımıştır. Saçağın ortasına Sümbüliliğin simgesi olan sümbül çiçekleriyle bezenmiş bir göbek konmuştur. Bu da Merkez Efendi’ye ithaf edilmiştir.
Bes tevessul sana bu türbe-i iksir-türap / Bundadur sur yüzünü Merkez-i kutbü’l aktab.
Beyit yazılmış, saçağın alemi ise Mevlevi tacı biçiminde şekillendirilmiştir. Türbenin girişi ek binanın kuzeyindeki kapıdır. Türbenin içi son döneme ait çinilerle kaplıdır. Bu çiniler Yıldız Hamidiye Camii ve Yıldız Saray Tiyatrosu’ndadır. Bunlar üzerinde yıldız ve gökyüzü görüntüsü vardır. Sandukaların etrafındaki süslemeler 18.yy sanatını gösteren sedef ve bağa ile kaplanmıştır.
Türbenin kuzeydoğu köşesindeki pahlı yüzeye yerleştirilmiş olan çeşmenin yuvarlak kemerli ayna taşında barok üsluplu bezemeler yanında sehba üzerinde bir sümbüli taçı simgelenmiştir. Cümle kapısında ise cami tevhidhanede ve türbelerde bir dini yapıdan çok Tanzimat devrini resmi yapılarını çağrıştıran Sultan II. Mahmut’un padişahlık üslubu hakimdir.