Hatuniye ( Çifte Minareli Medrese ) Medrese avlusunun güney kanadındaki derin bir mekân özelliğine sahip ve avluya sivri beşik tonozla açılan ana eyvanın güney ucunda yer alan ve eyvana dıştan eklemlenmiş olduğu anlaşılan kümbet, Hatuniye ya da Padişah Hatun Kümbeti olarak da tanınmaktadır; kümbetin, medreseyle birlikte inşa edilip edilmediği tartışmalıdır.
İki katlı olarak inşa edilmiş olan kümbet, kare prizmal bir kaide üzerinde oniki kenarlı çokgen bir gövdeye sahip olup, konik bir külâhla örtülmüştür.
Kümbetin gövdesinin dış cephesi, üç kaval silmeden oluşan sivri kemerli nişlerle oniki yüzeye taksim edilmiştir. Cephe yüzeylerini hareketlendiren ve münavebeli olarak yerleştirilen çift katlı pencerelerden alt bölümdekiler düşey dikdörtgen birer açıklıktan ibaret olup, sivri kemerle çevrelenen mukarnas kavsaralı birer niş halinde tasarlanmışlardır; cephenin üst yarısındaki pencereler ise sivri kemerli açıklıklar halindedir.
Profilli silmeler ve bezemeli geniş bir bordürün kuşattığı kasnak, külâh eteğinde mukarnaslı bir saçak kornişiyle sınırlandırılmıştır.
Kümbetin her iki katına da medresenin güney eyvanından ulaşılmaktadır. Çift kollu ve ara sahanlıklı bir merdiven kuruluşuyla ulaşılan üst kat, oniki kenarlı ve kubbeyle örtülü bir mekândır. Her kenara münavebeli olarak yarım daire ve çokgen planlı nişler ve pencereler açılmıştır. Kapının iki yanında bulunan iki küçük hücrenin eyvana açılan birer penceresi bulunur.
Merdiven sahanlığının altındaki basık kemerli bir kapı açıklığıyla, mumyalık işlevi görmek üzere hazırlanmış zemin kat mekânına dahil olunur. Haçvarî planlı mekânın merkezini oluşturan kare alan çapraz tonoz, kolları ise sivri beşik tonozla örtülüdür; doğu, batı ve güney duvarlarına açılmış üç mazgal pencere ile mekânın hava alması sağlanmıştır.